Вот код сортировки, работает правильно:
public static void sort(String[] array) {
for (int i=0; i < array.length; i++) {
for (int j = 0; j < array.length; j++) {
if (isNumber(array[i]) && isNumber(array[j])) {
if (Integer.parseInt(array[i]) > Integer.parseInt(array[j])) { // если значение под array[i] > array[j] , то
String tmp = array[i];
array[i]=array[j]; // то в i заносим значение меньше его(j)
array[j]=tmp;
}
}