И зачем в этой задаче вообще символы в нижний регистр переводить?
package com.javarush.task.task09.task0923;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.InputStreamReader;
/*
Гласные и согласные
*/
public class Solution {
public static char[] vowels = new char[]{'а', 'я', 'у', 'ю', 'и', 'ы', 'э', 'е', 'о', 'ё'};
public static void main(String[] args) throws Exception {
BufferedReader r = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
String input = r.readLine();
String output = "";
String output2 = "";
char[] arr = input.toCharArray();
for(int i = 0; i < arr.length; i++){
if(isVowel(arr[i])){
output += arr[i] + " ";
}
else {
output2 += arr[i] + " ";
}
}
System.out.println(output);
System.out.println(output2);
}
// метод проверяет, гласная ли буква
public static boolean isVowel(char c) {
c = Character.toLowerCase(c); // приводим символ в нижний регистр - от заглавных к строчным буквам
for (char d : vowels) // ищем среди массива гласных
{
if (c == d)
return true;
}
return false;
}
}