протестировал мой метод в новом проекте - вроде нормально работает. Входные(например):
int height = 5;
int width = 5;
matrix =  new int[][]{
        {0,0,0,1,1},
        {0,1,1,0,0},
        {1,1,1,1,1},
        {0,1,0,0,0},
        {1,1,1,1,1}
};
На выходе получается: 00000 00000 00011 01100 01000