Посмотрите пожалуйста код, есть сомнения в правильности выполнения:
import com.javarush.engine.cell.*;

public class MinesweeperGame extends Game {

    private static final int SIDE = 9;

    public void initialize(){

        setScreenSize(SIDE, SIDE);
        createGame();

    }

    private GameObject[][] gameField = new GameObject[SIDE][SIDE];
    private int countMinesOnField = 0;


    private void createGame(){

            for (int i = 0; i < gameField.length; i++) // i - индексы строк массива
            {
                for (int j = 0; j < gameField[i].length; j++) // j - индексы элементов строки gameField[i]
                {
                    gameField[j][i] = new GameObject(i, j, false); // элементу i в строке j присваивается объект с координатами x = i, y = j?
                    setCellColor(j, i, Color.ORANGE);
                    if(getRandomNumber(10) < 1){
                        gameField[j][i].isMine = true;
                        countMinesOnField++;
                    }
                }


            }
    }

}