Задача решена, но есть вопрос.

List<String> filesPath = new ArrayList<>();
for (int i = 1; i < args.length; i++) filesPath.add(args[i]);
Collections.sort(filesPath);
Vector<FileInputStream> vector = new Vector<>();
for (String file : filesPath) {
    vector.addElement(new FileInputStream(file));
}

ZipInputStream zipIS = new ZipInputStream(new SequenceInputStream(vector.elements()));
ZipEntry entry;

FileOutputStream fos = new FileOutputStream(args[0]);
while ((entry = zipIS.getNextEntry()) != null) {
    byte[] buffer = new byte[10000];
    int b;

    while((b = zipIS.read(buffer)) != -1) fos.write(buffer, 0, b);
}

zipIS.close();
fos.close();

Дело не в коде. Валидатор же принял решение. Да и к тому же сколько пролазил тут форум, то у всех практически идентичный код. Перепробовав у себя все равно пустой архив получал на выходе.

задачу я не помню, но судя по коду вы из кусков архивов вытаскиваете 1 файл и сохраняете его, так?

Все верно.

тогда проблема в том, что код вычищает архивы из которых читает?

Типа того, при этом по логике все должно работать. Но не тут-то было. При этом если не юзать SequenceInputStream, а обычно по байтно читать куски файлов, то все ок.

А чем создан архив? У меня не работает, если создать winrar'ом. Но зато на архиве из 7-zip все хорошо.

До этого юзал winrar. Но почитав отзывы по задаче и по рекомендации людей поставил уже 7zip и дальше им же и работал. Но ведь архив то уже создавался не сторонним софтом, а ZipInputStream'ом . Но получал пустой архив. При этом если не юзать SequenceInputStream, а свое что-то думать, то все ок. Просто странно немного... Мб, не отрицаю тот факт, что я косячу. Но валик то принимает задачу :-\

help Я там оставлял комментарии, возможно у тебя такая же проблема

Та я тоже один файл собирал, проверял иным способом работать с этими кусками файлов и все получалось. А тут что-то не хочет. Не отрицаю тот факт, что я где-то косячу. Нужно еще раз пройтись по этой задаче. Спасибо)