Что понимается под " обнулениe матрицы"? "Проверь, что в методе createGame() создание новых плиток происходит после обнуления матрицы gameField. " Пробовал несколько вариантов диагностика преждняя.
private void createGame(){
    gameField = new int[SIDE][SIDE];
    createNewNumber();
    createNewNumber();
}
private void createGame(){
   for (int i=0;i< SIDE;i++){
        for (int j=0;j< SIDE;j++){
            gameField[i][j]=0;
        }
    }
    createNewNumber();
    createNewNumber();
}
private void createGame(){
   gameField = new int[SIDE][SIDE];
   for (int i=0;i< SIDE;i++){
        for (int j=0;j< SIDE;j++){
            gameField[i][j]=0;
        }
    }
    createNewNumber();
    createNewNumber();
}
private void createGame(){
    Arrays.fill(gameField, null);
    createNewNumber();
    createNewNumber();
}