Всё я сдаюсь, всё работает всё пишет в таком же объеме файлов, но нет...

public class Solution {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        ZipEntry tmpEntry;
        ZipInputStream zipI = new ZipInputStream(new FileInputStream(args[1]));
        ByteArrayOutputStream byteArrayOutputStream = new ByteArrayOutputStream();
        byte buffer[] = new byte[8048];
        Path file = Paths.get(args[0]);
        String newZipEntry = "new/" + file.getFileName();
        boolean isFileWritten = false;   //новый флаг существует ли такая директория, как к нового файла

        Map<String, byte[]> map = new HashMap<>();
        while((tmpEntry = zipI.getNextEntry()) != null){
            if (!tmpEntry.isDirectory()){
                byteArrayOutputStream.write(buffer, 0 , zipI.read(buffer));
                map.put(tmpEntry.getName(),byteArrayOutputStream.toByteArray());
                byteArrayOutputStream.reset();
            }
        }
        byteArrayOutputStream.close();
        zipI.close();

        ZipOutputStream zipO = new ZipOutputStream(new FileOutputStream(args[1]));

        for (Map.Entry<String, byte[]> entry : map.entrySet()){
            if(!entry.getKey().equals(newZipEntry)) {
                zipO.putNextEntry(new ZipEntry(entry.getKey()));
                zipO.write(entry.getValue());
                zipO.flush();
                zipO.closeEntry();
            }else{
                zipO.putNextEntry(new ZipEntry(entry.getKey()));
                Files.copy(file, zipO);  // тут мы пишем новый файл в уже имеющуюся дирректорию
                zipO.closeEntry();
                isFileWritten = true; // ставим флаг что файл есть
            }
        }

        if(!isFileWritten) {
            zipO.putNextEntry(new ZipEntry(newZipEntry));
            Files.copy(file, zipO);
            zipO.closeEntry();
        }
        zipO.close();

while((tmpEntry = zipI.getNextEntry()) != null){
            if (!tmpEntry.isDirectory()){  // не пишем во временное хранилище если это не файл
                byteArrayOutputStream.write(buffer, 0 , zipI.read(buffer));
                map.put(tmpEntry.getName(),byteArrayOutputStream.toByteArray());
                byteArrayOutputStream.reset();
            }
        }

for (Map.Entry<String, byte[]> entry : map.entrySet()){
//если  название файла идентично новому, то не пишем его в архив
            if(!entry.getKey().equals(newZipEntry)) {
                zipO.putNextEntry(new ZipEntry(entry.getKey()));
                zipO.write(entry.getValue());
            }
        }