В двух словах. Считываю в массив байты из файла. в новый архив закидываю байты без повторов, посчитав количество вхождений для каждого из низ (третий массив). в третьем массиве ищу минимум. вывожу на экран из второго массива те элементы, индекс которых равен индексам минимальных значений из третьего массива.