Решил попробовать обойти работу со списками и построчно сравнивать оба файла. Все строчки, кроме первой и последней отрабатывают нормально. Первая строчка в обоих файлах = "it's a text for testing", но, line1.equals(line2) = false. Последняя строчка во втором файле пустая (но есть), при этом (fileReader1.ready() && fileReader2.ready()) триггерит и на последней строчке выходит из цикла