Собственно вопрос: при присвоении новой ссылки переменной типа BufferedReader, надо ли его сначала закрыть? Т. е. насколько правильно делать так: 
BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
reader = new BufferedReader(new FileReader(reader.readLine()));
String s = reader.readLine();
reader.close();
или лучше так: 
BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
String fileName = reader.readLine();
reader.close();
reader = new BufferedReader(new FileReader(fileName));
String s = reader.readLine();
reader.close();