у меня все правильно?

в src у вас лежат исходники. файлы с расширением *.java в out - скомпилированые версии этих же файлов, как уже ответил Ярослав. поэтому и структура папок та же, да и названия файлов такие же. но отличие в том, что там они уже имеют расширение *.class

В out лежат уже готовые, скомпилированные классы и все, что нужно, для проекта. Не надо трогать. Позже разберетесь еще со всем там.