Объясните логику этих записей. У нас создаётся где-то файл man. wife? Или как?

можешь дать ссылку на свой вк? хотелось бы обращаться к тебе при трудностях

Nope.

Man man = new Man();
Woman woman = new Woman();

Так создаются объекты. Один объект класса Man, один класса Woman. Ты поместил созданные объекты в переменные с названиями man и woman соответственно. Вернее, если сказать корректнее, ты поместил ссылки на созданные объекты в эти переменные. При этом у тебя в классе Man написано, что любой объект класса Man может хранить ссылку на объект класса Woman в поле wife, вот тут:

public class Man {
    public Woman wife;
}

То есть у любого объекта Man существует поле wife, в которое можно поместить ссылку на объект класса Woman. Ты обращаешься к полю wife созданного объекта man:

man.wife

и помещаешь в нее ту ссылку, которая хранится в переменной woman:

man.wife = woman; // содержимое woman поместить в man.wife

Объекты создаются в оперативной памяти, выделяемой системой для работы Java-машины. При сохранении объекта в переменную, в эту переменную помещается ссылка на участок памяти, хранящий созданный объект. Когда ты выполняешь операцию присваивания ("="), ты копируешь ссылку из одной переменной в другую, и таким образом у тебя обе переменные хранят ссылки на один и тот же участок памяти, хранящий этот объект. После этого и через man.wife и через woman можно обратиться к одному и тому же объекту. После завершения работы все объекты уничтожаются. При этом файлов на жестком диске, соответствующих создаваемым объектам, не создается. Неиспользуемые объекты уничтожаются еще раньше, в процессе работы программы, специальным инструментом Java-машины под названием "сборщик мусора" ("garbage collector"). Если что-то непонятно, не стесняйся уточнить.