При вводе нулей выводит нуль, то есть нет ни отрицательных ни положительных или вообще ничего не должен выводить?
И что значит выводить в исходном наборе?
package com.javarush.task.task04.task0428;
/*
Положительное число
*/
import java.io.*;
public class Solution {
public static void main(String[] args) throws Exception {
BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
int a = Integer.parseInt(reader.readLine());
int b = Integer.parseInt(reader.readLine());
int c = Integer.parseInt(reader.readLine());
int d = 0;
if (a > d)
d++;
else if (b > d)
d++;
else if (c > d)
d++;
System.out.println(d);
}
}