Прописал вот такую конструкцию для обхода всех файлов внутри архива 
HashMap<String, byte[]> files = new HashMap<>();
 ZipInputStream zipInputStream = new ZipInputStream(new FileInputStream(args[1]));
 String fileName = Paths.get(args[0]).getFileName().toString();
 boolean isPresent = false;//есть ли уже добавляемый файл в архиве

 //-----------чтение
 ZipEntry currentZipEntry;
 while (zipInputStream.available() > 0) {
     currentZipEntry = zipInputStream.getNextEntry();
     if (currentZipEntry.getName() != fileName) {//сверяем имя текущей записи с добавляемым файлом
         ByteArrayOutputStream baos = new ByteArrayOutputStream();
         byte[] buffer = new byte[1024];
         int count;
         while ((count = zipInputStream.read(buffer)) != -1) {
             baos.write(buffer, 0, count);
         }
         files.put(currentZipEntry.getName(), baos.toByteArray());
         baos.close();
         zipInputStream.closeEntry();
     } else isPresent = true;//если файл с таким именем уже есть
 }
 zipInputStream.close();
Но при проходе по архиву он цепляет только первый файл, а остальные не видит. Не могу понять почему.