Подскажите в какую сторону двигаться

Изменил на

Pattern pattern = Pattern.compile(args[1] + "\\D");

Тоже не проходит и нет предположений почему

Ну в принципе, нет никаких гарантий, что productName не начинается с цифры. Но у тебя же и условие про длину параметров никак не учитывается. Каждый параметр в строке не должен быть больше указанной длины, а если он короче, то должен дополняться пробелами.

Исправил, теперь условие с длиной параметров проходит, как минимум, мне так кажется. Но третье требование всё равно не выполнено. Может быть проблема в том, что я перезаписываю весь файл заново, а следует только обновить нужную строчку?

z=z+"\r\n";

Тут лучше использовать просто \n или System.lineSeparator Но не видя всего кода, трудно сказать, в чем именно проблема.

case "-u": {
                while(fileReader.ready()){
                    String s = fileReader.readLine();
                    Pattern pattern = Pattern.compile(args[1]);
                    Matcher matcher = pattern.matcher(s);
                    String id=args[1];
                    if (id.length()<8){
                        while(id.length()<8){
                            id=id + " ";}
                    }
                    id=id.substring(0,8);
                    String main="";
                    for (int i=2;i<args.length-2;i++){
                        main=main + args[i] + " ";
                    }
                    if (main.length()<30){
                        while(main.length()<30){
                            main=main + " ";
                        }
                    }
                    main=main.substring(0, 30);
                    String price=args[args.length-2];
                    if (price.length()<8){
                        while(price.length()<8){
                            price = price+" ";
                        }
                    }
                    price=price.substring(0, 8);
                    if (matcher.find()){
                        String compar=s.substring(0,8);
                        int comparInt = Integer.parseInt(compar.trim());
                        String ind = s.substring(0, args[1].length());
                        int temp = Integer.parseInt(ind.trim());
                        if(temp==comparInt) {
                            if (temp == Integer.parseInt(args[1])) {
                                // if(args[1].length()<8)
                                s = id + main + price + (args[args.length - 1]);
                            }
                        }
                    }
                    list.add(s);
            }
                break;}

Ещё ваше замечание с z учёл, остальное всё так же

productName - это один параметр, args[2], его не надо склеивать из кусков (если там есть пробелы, то параметр просто указывается в кавычках). А вот quantity должен быть из 4 символов. А зачем тебе вообще matcher, если ты все равно потом сравниваешь через if?

Прошло) Спасибо большое! Похоже, проблема была как раз в quantity.