Задачу решил, но хотел уточнить одну особенность.

byte[] buffer = new byte[1];
while (FIS1.available() > 0)
{
    FIS1.read(buffer);
    FOS.write(buffer);
}
while (FIS2.available() > 0)
{
    FIS2.read(buffer);
    FOS.write(buffer);
}

Вопрос какого характера. В данном случае, при использование массива в один байт (не спрашивайте, так получилось😅) вывод второго файла начинается с новой строки. Но если я начинаю читать файлы по 2 байта и более - перенос каретки пропадает. С чем это может быть связано? Содержымое файлов, которые использовал:

5
8
-2
11
3
-5
8
2
10

ab
cde
ef
ghtr
O
1
25