Думаю что проблема где-то здесь, но найти не могу. Хотя вывод правильный.
int count=0;

            for (String l : buff) {
                for (String list : words) {
                    if (l.indexOf(list)>-1){
                        count++;
                        if (l.substring(l.indexOf(list)+1).indexOf(list)>-1){
                            count++;
                        }

                    }
                }
                if (count == 2) {
                    System.out.println(l);
                    count = 0;
                }
                count = 0;
            }