Файл сохранен с кодировкой UTF-8. Если в начале строки встречается слово из списка words счётчик не увеличивается. В итоге выводит строки где встречается по три и два слова из списка words. Если файл сохраняется в кодировке ANCI выводит корректно, если в файле английский текст и в списке words соответственно Анг. слова. С русским текстом ничего не выводит. 
while (reader.ready()) {
                String str = reader.readLine().trim();
                String[] text = str.split(" ");
                int count = 0;
                for(int i = 0; i < text.length; i++) {
                    if(words.contains(text[i])) count++;
                }
                if(count == 2)
                    System.out.println(str);
            }