UPD: Ахтунг, все что написано ниже не правильно. см коменты Вроде все как записывает, но что то, не то.
BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));

        FileInputStream fis = new FileInputStream(reader.readLine());//"D:\\SQL and JAVA\\JAVA\\txtFiles\\First.txt"
        FileOutputStream fileOutputStreamSecond = new FileOutputStream(reader.readLine());//"D:\\SQL and JAVA\\JAVA\\txtFiles\\Second.txt"
        FileOutputStream fileOutputStreamThird = new FileOutputStream(reader.readLine());//"D:\\SQL and JAVA\\JAVA\\txtFiles\\Third.txt"

        while (fis.available() > 0){
            String stringOfByte = Integer.toString(fis.read());
            int count = stringOfByte.length();
            int i = 0;
                while (count > 0){
                   fileOutputStreamSecond.write(Integer.parseInt(stringOfByte.substring(i, i+1)));
                    count--;
                    i++;
                    if(count == 0) break;
                    else fileOutputStreamThird.write(Integer.parseInt(stringOfByte.substring(i, i+1)));
                }
        }