Значения в файле 3.49123 54 3.501321 3.512 -46 -3.492 -3.501 -3.51 22 -123.513412312312 3.50 -3.50 3.1415 Значеня на выходе 3 54 4 4 -46 -3 -4 -4 22 -124 4 -3 3 Упростил не много код, но все равно ни в какую
BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));

        FileInputStream fileInputStream = new FileInputStream(reader.readLine());//"D:\\SQL and JAVA\\JAVA\\txtFiles\\First.txt"
        FileOutputStream fileOutputStream = new FileOutputStream(reader.readLine());//"D:\\SQL and JAVA\\JAVA\\txtFiles\\Second.txt"
        BufferedReader readerForFile = new BufferedReader(new InputStreamReader(fileInputStream));
        BufferedWriter bufferedWriter = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(fileOutputStream));

        String numberString; //строковая переменная для хранения считывания числа
        while ((numberString = readerForFile.readLine()) != null) {
            for (int i = 0; i < numberString.length(); i++) { // в этом цикле ищу цифру и добавляю ее в лист
                if (numberString.substring(i, i + 1).equals(" ")) {
                    String s = numberString.substring(0, i);
                        bufferedWriter.write( Math.round(Double.parseDouble(s)) + " ");
                    numberString = numberString.substring(i + 1); // удаляем цифру которую только что добавили
                    i = 0;//обнуляем счетчик
                }
            }
        }
        fileInputStream.close();
        reader.close();
        readerForFile.close();
        bufferedWriter.close();
        fileOutputStream.close();
    }
}