При вводе отрицательно числа вылетает

if (Integer.parseInt(bufRed.readLine()) > 0) {
                numsPos++;
} else if (Integer.parseInt(bufRed.readLine()) < 0) {
                numsNeg++;
}

ну как по мне все логично, что не работает. Вот начинается ваш for первая итерация, если вводится положительное число то все хорошо попадаем в первый if читаем число оно положительно идем дальше. А теперь если число отрицательное. Входим в if считываем число с клавиатуры, проверяем его оно не положительное, выходим из if идем в следующий if else и что делаем? Правильно, снова считываем с клавиатуры число, и вот тут нюанс, ваше первое отрицательное число уже программой забыто, так как вы считали новое, и второй нюанс, если вы ввели за отрицательным числом положительное, то опять же if даст false и ничего снова не будет, ни положительное число не посчиталось, ни отрицательное) и вот в вашей ситуации, как раз со скрина, он вам все верно говорит первая итерация прошла хорошо вторая итерация соответственно ничего не нашла ни в первом считывании ни во втором а в третьей итерации программа чисел больше не находит, хотя по вашему коду вы просите их считать, и вот она вам и читает пустую строку.

package com.javarush.task.task04.task0429;

/*
Положительные и отрицательные числа
*/

import java.io.*;

public class Solution {
    public static void main(String[] args) throws Exception {
        //напишите тут ваш код
        BufferedReader bufRed = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));

        int numsIn;
        int numsPos = 0;
        int numsNeg = 0;

        for (int i = 0; i < 3; i++) {
            numsIn = Integer.parseInt(bufRed.readLine());
            if ( numsIn > 0) {
                numsPos++;
            } else if (numsIn < 0) {
                numsNeg++;
            }
        }

        System.out.println("количество отрицательных чисел: " + numsNeg);
        System.out.println("количество положительных чисел: " + numsPos);
    }
}