Чем отличается array.clone() от Arrays.copyOf(array, array.length), ну кроме более простой записи? Почему-то с Arrays.copyOf() решение не проходило валидацию по последнему пункту, хотя казалось бы причём тут это? 
//      int[] clonedArray = array.clone();
        int[] clonedArray = Arrays.copyOf(array,array.length);
        Arrays.sort(clonedArray);
        System.out.println(Arrays.binarySearch(clonedArray, element) >= 0);