UPD: После исправления проверки на isRegular валик принял, но архивы со вложенностью всё равно не разбирает..
public void extractAll(Path outputFolder) throws Exception{
        if(Files.notExists(zipFile))
            throw new WrongZipFileException();
        if(Files.notExists(outputFolder))
            Files.createDirectories(outputFolder);
        try (ZipInputStream zis = new ZipInputStream(Files.newInputStream(zipFile))) {
            ZipEntry entry;
            while((entry = zis.getNextEntry()) != null){
                    Path path = outputFolder.resolve(entry.getName());
                    if (Files.notExists(path.getParent()))
                        Files.createDirectories(path.getParent());

                try (OutputStream bos = Files.newOutputStream(path)) {
                    copyData(zis, bos);
                }
                zis.closeEntry();
            }
            }
        }