Яблоко спавнится в змейке

Такой вариант похоже действительно помог, мой вариант идентичен, но в чём здесь проблема? checkC инициализирована как false

public boolean checkCollision(GameObject object){
        for (int i = 0; i < snakeParts.size(); i++) {
            if (object.x == snakeParts.get(i).x && object.y == snakeParts.get(i).y){
                isAlive = false;
                checkC = true;
            }
        }
        return checkC;
    }

А где ты вообще объявляешь checkC? (и зачем змею убивать?)

Переменную обьявил в классе Snake, а убивать было по условию какого-то пункта

Насколько я понимаю, checkC - это поле экземпляра Snake. В таком случае, если метод checkCollision() вернул true, то поле checkC получило такое же значение. Подозреваю, что существует механизм, возвращающий этому полю значение false, иначе каждый следующий вызов метода checkCollision() всегда возвращал бы true, и это стало бы причиной бесконечного цикла при создании нового яблока. Вероятнее всего баг именно там - результат работы метода checkCollision() не всегда соответствует значению поля checkC. На мой взгляд, лучше избавиться от этого поля вовсе или же, по крайней мере, устанавливать его в false в самом начале метода checkCollision(), перед циклом.

Было бы странно убивать змею при генерации яблока...

Кажется по условию это было сделано на случай когда голова змеи сталкивается с хвостом, возможно я неправильно что-то понял и убивать её нужно не в методе, правда валидатор как-то это принял

Да, если при генерации новой головы она "сталкивается" с телом змеи, то змея умирает. Но это не должно происходить в методе checkCollision() Так бывает, что валидатор пропускает ошибку на каком-то этапе - а в последующих шагах она приводит к проблемам. Тесты валидатора несовершенны.

Я понимаю, что они не могут быть совершенными. Похоже, что именно в убийстве змейки и была вся проблема. Спасибо, что навели на эту мысль