Почему флаг DisplayDeletedUserList устанавливается именно в модели, а не, скажем, в контроллере?

Расстановка флагов и прочие детали реализации - НЕ работа контроллера. У него генеральная работа: диспетчеризация запросов к модели и отображения результатов. Но организацией запросов, и предоставление результатов вычисления по запросу - это работа модели, а представление визуальной среды взаимодействия с пользователем - работа представления. Какие флаги, где расставлять - это мелкие детальные вопросы, не относящиеся к диспетчеризации. Пусть как хотят, так и сделают, лишь бы результат был верный.