Подскажите что не так... Или лучше даже не так... Дайте данные(согласно условию) при которых она не отработает правильно, я сам все попробую найти и исправить.
package com.javarush.task.pro.task05.task0511;

import java.util.Scanner;
/*
Создаем двумерный массив
*/

public class Solution {
    public static int[][] multiArray;

    public static void main(String[] args) {
        //напишите тут ваш код
        Scanner console = new Scanner(System.in);

        //Read N
        int size = console.nextInt();

        //Create array, 5 lines
        multiArray = new int[size][];

        //Size for every line
        int[] j_len = new int[size];

        //Init size array
        for(int i = 0; i < size; i++) {
              System.out.print("len string: ");
              j_len[i] = console.nextInt();
        }


          int line = 0;
          //Берем j столбец
          for(int j = 0; j < j_len.length; j++) {

              //Читаем количество символов для создания нашей будущей строки
              int[] tmp = new int[j_len[j]];

              //Читаем с клавиатуры во временный массив количество цифр указанных при вводе для каждого индекса.
              for(int input = 0; input < j_len[j]; input++) {
                  System.out.print("input numbers for line " + line + " ");
                  tmp[input] = console.nextInt();
              }

              //Cохраняем наш временный массив в основной и переходим к следующей строке
              multiArray[line] = tmp;
              line++;
        }



        /*
        //Print
        for(int i = 0; i < multiArray.length; i++) {
            System.out.println();
            for(int j = 0; j < multiArray[i].length; j++) {
                //System.out.print(" value: " + array[i][j] + " Debug i: "+i+" j:"+j);
                System.out.print(multiArray[i][j] + " ");
            }
        }
        */


    }
}