Что не нравится валидатору?

try (FileInputStream fis = new FileInputStream(fileName)) {
            if (fis.available()>0) { // проверили не пуст ли файл
                minByte = fis.read(); // и инициализировали первым байтом minByte
                while (fis.available()>0) { // до конца файла считываем оставшиеся байты
                    currentByte = fis.read();
                    if (currentByte < minByte) minByte = currentByte;
                }
                System.out.println(minByte);

            } else System.out.println("файл пуст");
            fis.close(); // закрываем поток явным образом
        }

// если в файле есть байты
if (fis.available()>0) {
// читаем байт и он будет минимальным
minByte = fis.read() ;
// пока в файле есть байты
while (fis.available() > 0) {
// читаем байт и запоминаем его в переменную
 int byte = fis.read();
// и тут мы сравниваем переменные , а у вас получается снова читались байты. при том  несколько раз.
   if (byte < minByte) { minByte = byte; }
            }

// пока в файле есть байты
 while (file.available()>0){
// записываем их в лист
                list.add(file.read());
// сортируем лист
            }Collections.sort(list);
// возвращаем самый маленький элемент
            System.out.println(list.get(0));