В чем соль? Когда я создаю сканер в строке "try с ресурсами", программа мало того,что не записывает байты в файл, она еще и исходный очищает полностью. По итогу валидацию, что логично, не проходит по второму, а еще третьему и четвертому пунктам. Но.. Но когда я создаю сканер и переменные, хранящие расположения фалов до строки try (этот вариант решения закоменчен), все работает как надо, но не проходит валидацию по третьему и четвертому пунктам. Еще заметил, что ругается именно на последний объект try`а (переставлял местами). Тут я вообще не понимаю, в чем может быть проблема. Надеюсь кто-нибудь поможет. Спасибо. 
package com.javarush.task.pro.task15.task1504;

import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStream;
import java.io.OutputStream;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Path;
import java.nio.file.Paths;
import java.util.Scanner;

/*
Перепутанные байты
*/

public class Solution {
    public static void main(String[] args) {
//        Scanner scanner = new Scanner(System.in);
//        Path inputFile = Path.of(scanner.nextLine());
//        Path outputFile = Path.of(scanner.nextLine());
        try (Scanner scanner = new Scanner(System.in);
             InputStream input = Files.newInputStream(Path.of(scanner.nextLine()));
             OutputStream output = Files.newOutputStream(Path.of(scanner.nextLine()));
        ) {
            while (input.available() > 1) {
                int buffer1 = input.read();
                int buffer2 = input.read();
                output.write(buffer2);
                output.write(buffer1);
            }
            if (input.available() > 0) {
                int buffer = input.read();
                output.write(buffer);
            }
        }
        catch (IOException e) {
            System.out.println("oopsy");
            e.printStackTrace();
        }
    }
}