Записал в отдельный массив (count) единицы, там где повторы, а потом уже исходный массив (strings) менял на null, если на этом месте 1.
В IDEA все четко выдает(((
package com.javarush.task.pro.task05.task0508;
import java.util.Scanner;
/*
Удаляем одинаковые строки
*/
public class Solution {
public static String[] strings;
public static void main(String[] args) {
Scanner ha = new Scanner(System.in);
String[] strings = new String[6];
int[] count = new int[6];
for (int i = 0; i < strings.length; i++) {
strings[i] = ha.nextLine();
}
for (int i = 0; i < strings.length; i++) {
for (int j = i + 1; j < strings.length; j++) {
if (strings[i].equals(strings[j])) {
count[i] = 1;
count[j] = 1;
}
}
}
for (int i = 0; i < strings.length; i++) {
if (count[i] == 1) strings[i] = null;
System.out.print(strings[i] + ", ");
}
}
}