Код валидацию прошел, он все записывает во второй файл, но первый файл удаляется, становится таким, если в нем хоть одна кириллическая буква:
StringBuilder stringBuilder = new StringBuilder();
        try(BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(args[0]), "windows-1251"));
            BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(args[1]), StandardCharsets.UTF_8))){
            while (reader.ready()){
               stringBuilder.append(reader.readLine());
            }
            writer.write(stringBuilder.toString());
        }
    }
}