в чем проблема ?

public class Solution {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        String file1;
        String file2;
        try (BufferedReader bufferedReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in))){
            file1 = bufferedReader.readLine();     // условно: "E:\FileTest.txt"
            file2 = bufferedReader.readLine();
        }

        try(BufferedReader bufferedReader1 = new BufferedReader(new FileReader(file1))){
            while (bufferedReader1.ready()){    // пока в файле с именем file1 есть что читать...
                bufferedReader1.readLine();      // ...читаем
            }                                                       // здесь мы уже всё прочитали
            try (BufferedWriter bufferedWriter = new BufferedWriter(new FileWriter(file2))){
                String res = file1.replaceAll("[\\p{Punct}\r\n]",null);   // заменить в имени файла такие-то символы
                   bufferedWriter.write(res);  // записать в файл "новое" имя файла file1

            }
        }
    }
}