Программа считывает имена файлов в первой директории, далее создает путь из наименования второй директории + имя считанного файла. Перемещает файлы по вновь созданному адресу. После перемещения проверяем остался ли файл в первой директории и проверяем существует ли он во второй директории. Может я слишком замудрил и нужно решение короче?)