Зачем вызываем super.clone?

Без кода ответить тебе сложно. В целом, super что-то там вызывает реализацию метода из супер класса, т.е. если у тебя есть класс родитель, со своими полями и класс наследник со своими, то наследник имеет и поля родителя и свои. Если цель их клонировать, и в родителе уже есть хорошо написанный метод clone() то зачем писать его еще раз? Можно вызвать его сразу, что super.clone() и делает.