зачем повторяется строка?

Потому что ты используешь цикл while. Чтобы тебе было что проверять изначально, ты первый раз читаешь строку до цикла, и затем в цикле после добавления читаешь следующую строку. Не хочешь повторять, пиши по-другому. Например, так

String line;
while (!(line = reader.readLine()).isEmpty()) {
    list.add(line);
}

Или так:

while (true) {
    String line = reader.readLine();
    if (line.isEmpty()) {
        break;
    }
    list.add(line);
}

Или вообще вот так:

List<String> list = reader.lines().collect(Collectors.toList());

Суть везде одна и та же

яка? reader.readLine();? а як би ви інакше написали б? без повторів?