Решил своим способом, программа все делает верно, валидатор не пропускает 3й пункт с конца. Возможно намудрил с циклами и if-ами. Пришлось взять отсюда более лаконичный способ

package com.javarush.task.task17.task1721;

import java.io.File;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.Scanner;

/*
Транзакционность
*/

public class Solution {
    public static Scanner scanner = new Scanner(System.in);
    public static String nameOne;
    public static String nameTwo;

    static {
        nameOne = scanner.nextLine();
        nameTwo = scanner.nextLine();
    }


    public static List<String> allLines = new ArrayList<String>();
    public static List<String> forRemoveLines = new ArrayList<String>();

    public static void main(String[] args) {
        readFiles(nameOne, allLines);
        readFiles(nameTwo, forRemoveLines);
        Solution solution = new Solution();
        try {
            solution.joinData();
            scanner.close();
        } catch (CorruptedDataException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }

    public  void joinData() throws CorruptedDataException {
        boolean flag = false;
        int coincidence = allLines.size();
        int step = 0;
        int count = 0;
        for (String stringAllLines : allLines) {
            for (String stringRemoveList : forRemoveLines) {
                if ((allLines.get(step)).equals(stringRemoveList)) {
                    count++;
                    if (count == coincidence) {
                        flag = true;
                    }
                }
            }
            step++;
        }
        if (flag) {
            allLines.removeAll(allLines);
        }
        if (!flag) {
            allLines.removeAll(allLines);
            throw new CorruptedDataException();
        }
        if(allLines.isEmpty())
            System.out.println("YES");


    }

    public static void readFiles(String string, List<String> list) {
        try {
            scanner = new Scanner(new File(string));
            while (scanner.hasNextLine()) {
                list.add(scanner.nextLine());
            }
        } catch (FileNotFoundException e) {
            e.printStackTrace();
        }

    }
}