Не вижу ошибки с условием и счетчиком...
package com.javarush.task.task04.task0429;
/*
Положительные и отрицательные числа
*/
import java.io.*;
public class Solution {
public static void main(String[] args) throws Exception {
BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
String A = reader.readLine();
String B = reader.readLine();
String C = reader.readLine();
int a = Integer.parseInt(A);
int b = Integer.parseInt(B);
int c = Integer.parseInt(C);
int n = 0;
int p = 0;
if(a > 0){
p = p + 1;
}
else if (a < 0){
n = n + 1;
}
if(b > 0){
p = p + 1;
}
else if (b < 0){
n = n + 1;
}
if(c > 0){
p = p + 1;
}
else if (c < 0){
n = n + 1;
}
System.out.println("количество отрицательных чисел: " + n);
System.out.println("количество отрицательных чисел: " + p);
}
}