Задача решена

1. Я тебе уже говорил, не зря обратил внимание хоть ты иговорил что ты для себя, ты и в чистовике так пишешь, вот так:

rewriteFileContent(new FileInputStream(files[1]), files[0].toPath());
 appendFileContent(files[2].toPath(), new FileOutputStream(files[0],true));

это плохо. Может быть допустимо в ряде ситуаций, но у тебя это система. Оно вроде и логично, но у меня глаза разбегаются от этих методов , конструкторов и параметров и возникают в голове лишние вопросы. А твой код должен давать ответы. 2. Джава доки пишутся через две звездочки, чтобы текст был зеленым.

/**
   @params
   inputFile - Path object of a "from" file
   os - FileOutputStream with append = true flag of "to" file
  */

В данном случае у тебя по сути это комментарий. Абсолютно ненужный. 3. finally { Уже 8 лет прошло с момента выхода седьмого jdk в котором добавили try with resources. Блок файнелии у тебя это 10 неоправданных строк кода 4.

else throw new FileNotFoundException("File objects creation failed.");

if/else/while/for мы пишем с фигурными скобками всегда. Разрешаются для if исключения но на более низкоуровневых алгоритмах. Не в этом случае так точно. 5.

System.err.println("No such file found.");

Если хочешь сделать как правильней, то правильней было бы бросание эксепшена либо (что лучше для валидтора) это просто печать стектрейса. Сауты это так, первый квест джава раша чтобы познакомить с исключениями. В других местах же у тебя: System.err.println("Input Stream close failed."); e.printStackTrace(); или System.err.println("Files copy failed."); hrow new FileCopyFailedException("Files copy failed", e); К чему дублирование сообщений саутом ? А так в целом, очень даже хорошо. Еще бы валидировалось)

BufferedReader consoleR = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));

        OutputStream os = new FileOutputStream(consoleR.readLine(),true);
        InputStream is1 = new FileInputStream(consoleR.readLine());
        InputStream is2 = new FileInputStream(consoleR.readLine());

        byte[] buffer = new byte[512];
        int bytesRead = 0;
        while ((bytesRead = is1.read(buffer)) != -1){
            os.write(buffer,0,bytesRead);
        }

        while ((bytesRead = is2.read(buffer)) != -1){
            os.write(buffer,0,bytesRead);
        }

        consoleR.close();
        os.close();
        is1.close();
        is2.close();