Читала комментарии, но так и не поняла, в чём проблема. На примерах всё работает.
public class Solution {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(args[0])); // поток чтения из файла
        BufferedWriter out = new BufferedWriter(new FileWriter(args[1])); // поток записи в файл

        String line; // считываемая строка
        String[] array; // массив из слов строки

        String numbers = "0 1 2 3 4 5 6 7 8 9"; // все цифры
        String[] numbersArray = numbers.split(" "); // все цифры в виде массива

        while (in.ready()) {
            line = in.readLine(); // считываем сроку
            array = line.split(" "); // делим её на слова

            for (String word : array) {
                for (String number : numbersArray) {
                    if (word.contains(number)) {               // проверяем, есть ли в слове хоть одна цифра
                        out.write(word + " ");             // если есть, то пишем слово в файл и ставим пробел
                    }
                }
            }
        }

        // закрываем потоки
        in.close();
        out.close();
    }
}