Берем код из лекции и немного меняем. Создаем файл с кодировкой Windows 1251.
Charset charsetInput = Charset.forName("Windows-1251");
Charset charsetOutput = Charset.forName("UTF-8");
FileInputStream inputStream = new FileInputStream(args[0]);
FileOutputStream outputStream = new FileOutputStream(args[1]);

byte[] buffer = new byte[inputStream.available()];
inputStream.read(buffer);
inputStream.close();
String inputData = new String(buffer, charsetInput);
byte[] output = inputData.getBytes(charsetOutput);
String outputData = new String(output);

outputStream.write(output);
outputStream.flush();
outputStream.close(); // закрываем поток
Что получаем на выходе; 1CClientBankExchange ВерсияФормата=1.02 РљРѕРґРёСЂРѕРІРєР°' Результат работы inconv
echo '1CClientBankExchange ВерсияФормата=1.02 Кодировка' | iconv -f utf8 -t cp1251
1CClientBankExchange ВерсияФормата=1.02 Кодировка