Что происходит на моменте ignore != "\n" ?
public class Guess4 {

    public static void main(String args[]) throws java.io.IOException {
        char ch, ignore, answer = 'S';
        do {
            System.out.println("Зaдyмaнa буква из диапазона A-Z.");
            System.out.print("Пoпытaйтecь ее угадать: ");
            ch = (char) System.in.read();
            do {
                ignore = (char) System.in.read();
            } while (ignore != '\n');  //Ignore присваивается значение потом переходит на следующую строку?

            if (ch == answer) System.out.println("** Правильно! **");
            else {
                System.out.print(" ... Извинитe, нужная буква находится ");
                if (ch < answer)
                    System.out.println("ближe к концу алфавита");
                else System.out.println("ближe к началу алфавита");
                System.out.println("Пoвтopитe попытку!\n");
            }
            } while (answer != ch) ;
//
    }
}