Почему не работает с отрицательными числами?

У вас максимальное - это 0. Конечно с отрицательными не сработает)

Можешь написать в одну строчку) System.out.println(Math.max(Math.max(Math.max(a, b), c), c));

Если писать

int num = 5;

if (a == 5)
    System.out.println(a + " равно 5");
if (a > 0)
    System.out.println(a + " больше 0");

то будет выведено обе строки, потому что нет блока else, elseif или elseif-else и программа проверяет каждый if последовательно, даже если совпадение было найдено уже в начале. Чтобы выполнилось только одно из условий нужно написать так:

if (a == 5)
    System.out.println(a + " равно 5");
else if (a > 0)
    System.out.println(a + " больше 0");

тогда будет выполнено самое первое совпадение, а оставшаяся часть не будет проверена и выполнена соответственно. или

if (a == 5)
    System.out.println(a + " равно 5");
else if (a > 0)
    System.out.println(a + " больше 0");
else
    System.out.println(a + " меньше 0");

тогда, если совпадение не найдено, выполнится блок else. В вашем случае условие else принадлежит только к последнему if (строка 19)

if (d>b&&d>c&&a<d)
    max=d;
else
    max=b;

Поэтому переменной max всегда присваивается либо d, либо b. Каждый раз, когда программа встречает if, она начинает новую проверку на совпадение условий.

попробуй сравнивать числа попарно. и не прописано условие равенства чисел.

И с положительными не особо работает...

1
2
3
3