Вроде всё правильно. Хоть с исходным файлом с одной строкой, хоть с несколькими - результат соответствует требованиям. По одному слову что ли записывать.
Спасибо.
package com.javarush.task.task19.task1925;
/*
Длинные слова
*/
import java.io.*;
public class Solution
{
public static void main(String[] args) throws Exception
{
BufferedReader fileReader = new BufferedReader(new FileReader(args[0]));
FileWriter fileWriter = new FileWriter(args[1]);
String line = "";
while (fileReader.ready())
{
line = line + (fileReader.readLine().replaceAll(" ", ",").replaceAll("\\b\\w{1}\\b|\\b\\w{2}\\b|\\b\\w{3}\\b|\\b\\w{4}\\b|\\b\\w{5}\\b|\\b\\w{6}\\b", "").replaceAll(",{2,}", ",").replaceAll("^,|", ""));
}
line = line.replaceAll(",$", "");
fileWriter.write(line);
fileReader.close();
fileWriter.close();
}
}