С регулярками все еще достаточно сложно. Придумал вот так:
public class Solution {
    public static void main(String[] args) {
        try(BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in))){
            String file1path= reader.readLine();
            String file2path= reader.readLine();
            try(BufferedReader fileReader= new BufferedReader(new FileReader(file1path));
                BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new FileWriter(file2path))){
                StringBuilder str= new StringBuilder();
                while (fileReader.ready()){
                    str.append(" ").append(fileReader.readLine());
                }
                Pattern my_pattern = Pattern.compile("[^0-9 ]", Pattern.CASE_INSENSITIVE);
                List<String> answers = new ArrayList<>();
                for(String x:str.toString().split(" ")){
                    if(!my_pattern.matcher(x).find()){
                        answers.add(x+" ");
                    }
                }
                for(String r:answers){
                    writer.write(r);
                }
            }

        }catch (IOException e){
            e.printStackTrace();
        }
    }
}
Задача решилась со 2 раза потому что забыл добавлять пробел после каждого числа. Можно ли как-то сократить код или так норм?