Делал решение как по лекции, вроде все понял. 
import java.io.*;
import java.nio.charset.StandardCharsets;
import java.nio.charset.Charset;

/*
Смена кодировки
*/

public class Solution {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        try (FileInputStream inputStream = new FileInputStream(args[0]);//принимаем имя файла в виде первого параметра, с которого мы будем читать данные
            FileOutputStream outputStream = new FileOutputStream(args[1])) {//принимаем имя второго файла в виде второго параметра, в который необходимо
                                                                            //будет записать содержимое превого файла

                Charset windows1251 = Charset.forName("Windows-1251");//создаем объект класса Charset который будет хранить в себе кодировку Windows-1251
                Charset utf8 = StandardCharsets.UTF_8;//создаем объект класса Charset который будет хранить в себе кодировку Windows-1251

                byte[] buffer = new byte[inputStream.available()];//создали байтовый список. Размер определяется наличием кол-ва символов в файле входящего потока args[0]

                inputStream.read(buffer);//вчитываем информацию в список buffer

                String s = new String(buffer, windows1251);//создали объект s,который примет два аргумента, 1)buffer - список, который хранит в себе данные с первого файла
                                                            //2)windows1251 - это наш тип кодировки, в который мы переведем список buffer

                buffer = s.getBytes(utf8);//переводим наш уже откодированный объект String s, в другую кодировку UTF-8.
                                            //Чтобы это сделать, пришлось получить строку s, в виде байтов getBytes()

                outputStream.write(buffer);//записываем откодированные данные к кодировке UTF-8, в поток вывода, т.е7 это был бы файл в который бы мы это записали
            }
    }
}
А вот решение от самой JavaRush: Вы думаете это лучше? Как они в этом решении успели уже все переписать в другую кодировку? Спасибо! 
import java.io.*;
import java.nio.charset.StandardCharsets;

/*
Смена кодировки
*/

public class Solution {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        try (BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(args[0]), "Windows-1251"));
             BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(args[1]), StandardCharsets.UTF_8))) {

            String s;
            while ((s = reader.readLine()) != null) {
                writer.write(s + "\n");
            }
        }
    }
}