Через токенизер решил.

List<String> string = Files.readAllLines(Paths.get(scanner.nextLine())); for(int i = 0; i < string.size(); i++) { StringTokenizer token = new StringTokenizer(string.get(i), ", ."); while (token.hasMoreTokens()) { String print = token.nextToken(); System.out.print(print); } System.out.println(); основная часть

так как кода мало, то разобраться в нем легко, но выглядит немного избыточным :) Я бы делал через String.replace(). А точнее replaceAll() :

List string = Files.readAllLines(Paths.get(scanner.nextLine()));
for (String s : string) {
    System.out.println(s.replaceAll("[. ,]", ""));
}

реплейс же всю строку читает, а не каждый символ. тоесть ",".NOTequals". ,"??

replaceAll работает с regex [. ,] - это "." или "," или " "