Проверяю на своих данных и на своем компе - проблему не вижу. Я как то не так понял как работает scanner?
package com.javarush.task.task19.task1908;
import java.io.*;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Scanner;
/*
Выделяем числа
*/
public class Solution {
public static void main(String[] args) {
try(BufferedReader bufferedReader = new BufferedReader( new InputStreamReader( System.in ) );
FileReader fir = new FileReader( bufferedReader.readLine() );
FileWriter fiw = new FileWriter( bufferedReader.readLine() );
Scanner sc = new Scanner( fir )
){
ArrayList<Integer> arrayList = new ArrayList<>();
while (sc.hasNext()){
if (sc.hasNextInt()){
arrayList.add( sc.nextInt() );
}
else sc.next();
}
for (Integer i: arrayList){
fiw.write( i + " " );
}
}
catch (IOException e){
}
}
}