Тестировал, все работает. Если по замечаниям: Создай объект File с новым именем файла allFilesContent.txt. Нужно указать полный путь.
FileUtils.renameFile(file,new File(fileDir + "\\allFilesContent.txt"));
Нужно создать поток для записи в переименованный файл.
fileOutputStream = new FileOutputStream(direction+"\\allFilesContent.txt",true);
            fileOutputStream.write(filesContent);
            fileOutputStream.write(separate);
            fileOutputStream.close();
Содержимое всех файлов, размер которых не превышает 50 байт, должно быть записано в файл allFilesContent.txt в отсортированном по имени файла порядке.
int _size= new FileInputStream(direction+"\\"+s).available();
           if(_size<50 && !s.equals("allFilesContent.txt")){
               list.add(s);
           }
Поток для записи в файл нужно закрыть.
fileOutputStream.close();