Цикл перебора массива вроде правильный...
public void print(){
       for (int i = 0; i < height; i++) {
           for (int j = 0; j < width; j++) {
               if (this.matrix[i][j] == 0){
                   System.out.print(".");
               }
               else {
                   System.out.print("X");
               }
               System.out.println();
           }
       }

   }